清華大學醫學院成立于2001年10月，著名醫學科學家、兩院院士吳階平先生擔任首任院長，生物物理學家趙南明教授、結構生物學家施一公院士、神經科學家魯白教授、免疫學家董晨教授先后擔任常務副院長。2016年9月至2020年8月，董晨教授擔任醫學院院長。2020年12月，祁海教授擔任醫學院院長。 清華大學醫學院致力于培養既掌握臨床技能又具備科研能力，能在醫學領域從事研究、醫療服務、教學管理、技術創新的醫學科學家、高級臨床醫生、醫學教育工作者和大健康產業技術創新人才。 經過近20年的發展，清華醫學院在多個學科擁有卓越的研究成果和大量正在進行的前沿工作，已經形成了引領新方向的國際影響力，具有廣闊的產業轉化前景。2020年3月2日習近平總書記來醫學院考察科研抗疫工作，肯定了病毒核酸檢測和抗體疫苗研發工作。 醫學院目前有基礎醫學系、生物醫學工程系、臨床醫學院。涵蓋了基礎醫學(包括免疫學、腫瘤生物學、微生物與傳染病學、神經科學、分子與生物學等方向)、生醫工程(包括醫學影像學、神經工程、微納與組織工程等方向)和臨床醫學三個一級學科，其中基礎醫學學科的免疫學、微生物與傳染病學、神經科學、分子與生物學四個研究方向的ESI全球排名前1%,已逐步擺脫跟蹤追隨的科學模式,建立了引領新方向的國際影響力。