細菌不是都有鞭毛的，鞭毛是屬于細胞的特殊結構，有的細菌有，有的細菌沒有。細菌的基本結構如細胞壁、細胞膜、細胞質、核質才是所有的細菌都有的。細菌的特殊結構還有菌毛、芽孢和莢膜，只有一部分細菌有鞭毛。

原生質神經伸出細胞外形成的鞭狀物，一條或多條，有運動、攝食等作用。鞭毛蟲以及各種動植物的精子等都有鞭毛。是常見的細菌細胞器之一。

在某些菌體上附有細長并呈波狀彎曲的絲狀物，少則1-2根，多則可達數百根。這些絲狀物稱為鞭毛，作用是負責細菌的運動。

從一些原核細胞和真核細胞表面伸出的、能運動的突起。鞭毛較長，數目少；纖毛與鞭毛有相同的結構，但較短，數目多。細菌的鞭毛則有完全不同的結構。

鞭毛一般長約150微米，纖毛5～10微米，兩者直徑相，為0.01～0.03微米。大多數動物和植物的精子都有鞭毛。精子及許多原生動物都以鞭毛或纖毛為運動器。

具有鞭毛的細菌大多是弧菌、桿菌和個別球菌。

細胞表面的細長鞭狀原生質突起，其功能為運動、攝食等，某些細菌菌體的一端、兩端或周圍也有鞭毛。主要類型有尾鞭型、茸鞭型等。尾鞭型：鞭毛的一種類型。在電鏡下觀察，鞭毛表面無茸毛(或鞭茸)。常見于綠藻門、輪藻門游動孢子或精子的鞭毛，高等植物中的苔蘚和蕨類的精子均為尾鞭型的鞭毛。還有一些藻類和低等真菌的游動細胞具1條尾鞭型的鞭毛和1條茸鞭型鞭毛。茸鞭型：鞭毛的一種類型。在電鏡下觀察，鞭毛表面具許多羽狀排列的茸毛(或鞭茸)。常見于裸藻、隱藻門的種類。在甲藻、褐藻以及一些低等真菌中，常見在同1個游動細胞上具1條茸鞭型鞭毛，另1條為尾鞭型鞭毛。