藥物化學專業課程有有機化學、生物化學、生理學、藥理學、高等藥物化學、藥物合成設計、藥物合成反應、代有機合成、藥物設計進展、天然產物化學、有機光譜鑒定、有機結構測定的物理方法等。

藥物化學專業主要培養具有藥學、管理學、經濟學、法學等相關的知識和技能，能在藥品部門及相關機構從事藥物化學分析、藥事與企業管理、策劃以及教學、科研等方面的工作，探索藥物化學事業科學發展規律的復合型高級人才。通過藥物化學專業的學習，使學生能夠熟悉化學藥物的結構、理化性質、體內代謝及臨床應用，為有效、合理地使用化學藥物提供理論依據，為從事新藥研究奠定理論基礎。

藥物化學專業的畢業生，因為有著扎實的生化研究和分析的基礎，則也有著多方面的就業機會，一是可以進入日用化工行業，二是可以進入生化藥品行業，三是可以進入石油化工行業，四是可以直接進入制藥和從事藥物制劑開發、研究、質檢以及銷售代理崗位。