北京中醫藥大學創建于1956年，是中華人民共和國最早成立的高等中醫院校之一，是唯一一所進入國家“211工程”建設的高等中醫藥院校。2000年7月31日原北京中醫藥大學與原北京針灸骨傷學院合并，組成新的北京中醫藥大學，并成為直屬國家教育部管理的重點大學。

學校現設有基礎醫學院、中藥學院、針灸學院、管理學院、護理學院、國際學院、遠程教育學院、繼續教育學院、臨床醫學院、文法系、臺港澳中醫學部等教學機構。
學校致力于構建面向新世紀的以高層次教育為主體的人才培養體系，目前設有中醫學、中藥學、制藥工程、針灸推拿學、公共事業管理(衛生事業管理)、工商管理(中藥企業管理)、護理學、英語（醫學）、法學（醫藥衛生）9個專業。其中中醫學七年制含科研方向、針推對外交流方向、中西醫結合方向等9個培養方向班，分別與南開大學、清華大學、北京師范大學和中日友好醫院等單位聯合培養。
截止2003年9月，學校各類在校生達到16160名，其中本專科生5950名，碩士研究生688名，博士研究生356名，來自41個國家和地區的留學生758名，臺港澳學生416名，遠程教育學員4897名，繼續教育學員3095名。
我校是全國中醫藥院校中首批建立博士學科點和博士后科研流動站的單位之一，中醫學、中藥學、中西醫結合醫學3個一級學科均具有博士學位授予權，并均設有博士后科研工作流動站。學校現有6個國家級重點學科，10個部局級重點學科，3個北京市重點學科，重點學科建設在全國中醫藥院校中保持領先地位。
學校現有教育部重點實驗室１個，北京市重點實驗室2個，國家中醫藥管理局重點研究室2個。學校是國家理科人才培養基地、國家生命科學與技術人才培養基地，建設有“教育部中藥制藥與新藥開發關鍵技術工程研究中心”、“教育部高等學校中醫藥現代化網上合作研究中心”，并與北京師范大學共建“國家大學科技園”。
創辦于1958年的附屬東直門醫院是學校臨床教學及醫療、科研基地。經過半個世紀的艱苦創業，已發展成為一所醫教研力量雄厚、科室齊全、設備完善、綜合服務能力強并具有中醫專科專病的綜合性三級甲等醫院。附屬東方醫院于1999年開診，已建設成環境優美、布局合理、設備先進、人才優化、管理科學、醫療水一流、中醫突出、具有綜合服務功能的國家級現代化的綜合性中醫醫院。
建于1958年的藥廠擁有雄厚的技術力量、齊全的生產設備和先進的工藝技術，現已通過小劑量注射液GMP認證。其拳頭產品“清開靈注射液”自1992年以來連續三次被審定為全國中醫醫院急診首選必備藥品。
建校48年來，學校為國家培養各級各類中醫藥專門人才2萬余名，為世界87個國家和地區培養各類中醫藥人才2342名。幾年來，學校先后與19個國家和港、澳、臺地區建立了40個合作項目，與12個國家和地區的大學及學術團體合作開辦了教學分院和醫療機構。
學校主辦有國家一級學術期刊《北京中醫藥大學學報》、《北京中醫藥大學學報（中醫臨床版）》和《中醫教育》雜志，是中醫藥學術交流的重要園地。