研究室僅僅走出了第一步。高等教育學要想成為一門獨立的學科，還必須有教材、專著。潘懋元根據多年研究反復推敲，提出了《高等教育大綱》(討論稿)，并組織北京、上海和廈門的9位青年教師，按照大綱分工撰寫。1983年，《高等教育學》全書完稿，1984年正式出版，中國終于有了第一部屬于自己的高等教育學專著，這一年潘懋元64歲。

上世紀80年代，高等教育與市場經濟、知識經濟的關系，高等教育大眾化等問題，不斷涌入潘懋元的研究范圍。這時，他已經過了60歲，但他卻享受著自己學術的春天。

1986年，66歲的潘懋元應邀去日本參加“亞洲高等教育系統中的公立和私立體制——問題與展望”理論研討會。聽了與會歐美高校代表關于民辦高校情況的報告，回來后他提出了一個新命題：中國能否發展好民辦教育？

當時黨的十三大還沒有召開，所有制問題還是“雷區”，在教育這個領域討論“私有”，有踩“紅線”的危險。

為了說服反對者，他采取了迂回策略，他對西方國家私立高校進行了深入研究，又認真領悟了國家政策和改革趨勢。1987年，他發表文章提出，民辦高等教育在中國發展是可行的。這個觀點首先破解了發展民辦高校的理論難題，為當時剛萌芽的民辦高等教育提供了理論支持。之后的實踐，也驗證了他的預言。

在高等教育大眾化領域，潘懋元再次體現了作為研究者的前瞻眼光。

1997年，我國高等教育的毛入學率是7.6%,加上高等教育自學考試也僅為9.1%。而這方面的國際權威理論學者馬丁·特羅認為，高等教育毛入學率低于15%為精英教育階段，15%到50%為大眾化階段，高于50%為普及化階段。因此，當時很多人認為，這個時候在中國提出高等教育大眾化不符合國情，是“理論誤導”。

但潘懋元堅持關注并研究高等教育大眾化問題，他認為中國走高等教育大眾化道路是必然的選擇，需要提前進行研究。隨后，他陸續寫了《中國高等教育大眾化之路》、《高等教育大眾化的教育質量觀》等系列文章。

他還預言，21