安徽中醫(yī)藥大學創(chuàng)建于1959年，其前身為1952年創(chuàng)立的安徽省中醫(yī)進修班(學校)。1959年，安徽省政府正式批準成立安徽中醫(yī)學院，郭沫若先生題寫校名。1970年，安徽中醫(yī)學院并入安徽醫(yī)學院。1975年，國家教育部批準恢復安徽中醫(yī)學院。2000年，安徽省醫(yī)藥學校并入安徽中醫(yī)學院。2011年，省政府批準在安徽中醫(yī)學院的基礎上組建成立安徽省中醫(yī)藥科學院。2013年，教育部同意安徽中醫(yī)學院更名為安徽中醫(yī)藥大學。

學校是國家中醫(yī)臨床研究基地、國家中藥現(xiàn)代化科技產(chǎn)業(yè)(安徽)基地、國家中醫(yī)藥國際合作基地、國家藥品臨床研究基地、碩士研究生推薦免試單位。2005年以良好成績通過國家教育部本科教學工作水評估，2009年學校以優(yōu)異成績通過國家教育部中醫(yī)學專業(yè)試點認證。少荃湖新校區(qū)建設被列入安徽省“861”計劃，2013年上半年一期工程竣工并投入使用。

學校現(xiàn)占地總面積1171畝，有梅山路、史河路、少荃湖三個校區(qū)。東校區(qū)坐落于合肥市梅山路103號，西校區(qū)坐落于合肥市史河路45號，少荃湖校區(qū)坐落于前江路。教學科研儀器設備總值13872萬元。圖書館藏書175萬冊(其中紙質圖書94.32萬冊)，古籍部珍藏古籍線裝書3.3萬冊，是“全國古籍重點保護單位”。中藥標本中心儲藏了11萬份藥用植物臘葉標本，是全國醫(yī)藥院校珍藏標本最豐富的標本館。新安醫(yī)學文化中心是安徽省中醫(yī)藥文化宣傳教育基地。

學校現(xiàn)有全日制在校生13205人(其中博士生、碩士生1059人)。現(xiàn)有13個二級學院(部)、3所直屬附屬醫(yī)院、4所非直屬附屬醫(yī)院。現(xiàn)有教職工2500多人(含兩所附院)，其中副高以上職稱人員500余人。國醫(yī)大師1人，安徽省高校領軍人才5人，博士生導師22人，碩士生導師333人;享受國務院特殊津貼23人、省政府特殊津貼8人;安徽省學術與技術帶頭人、后備人才25人;國家名老中醫(yī)學術經(jīng)驗項目指導老師26人。有來自國內外的56名知名專家學者擔任我校客座教授。

學校現(xiàn)有23個本科專業(yè)(其中國家教育部高等學校專業(yè)5個，19個專業(yè)列入一本招生)，有2個一級學科博士學位授予點，4個一級學科碩士學位授予點、25個二級學科碩士學位授予點、4個碩士專業(yè)學位授權點。有安徽省學科建設重大項目2個、國家中醫(yī)藥管理局重點學科17個，省級B類重點學科11個，7個衛(wèi)生部國家臨床重點專科，21個國家中醫(yī)藥管理局重點建設專科、23個安徽省中醫(yī)藥重點專科。