安徽中醫藥高等專科學校前身是始建于1960年的“蕪湖市中醫學校”；2001年，學校獨立升格并于次年經教育部批準，在全國同類院校率先更名為“安徽中醫藥高等專科學校”。為整合衛生教育資源，壯大學校實力，2006年，市政府將蕪湖市中醫醫院成建制劃歸學校作為直屬附屬醫院；2012年，附屬市牙病防治所成功創建附屬口腔醫院（蕪湖市口腔醫院）。經過50多年的建設與發展，學校已經成為具有鮮明中醫藥的地方性高等院校。2010年，學校在高職高專院校人才培養工作評估中獲得“優秀”等次，成功創建了“安徽省示范性高等職業院校”。

學校現為教育部中醫藥職業教育教學指導委員會副主任委員單位、全國中醫藥職業技術教育學會常務副理事長單位、全國中醫藥高職高專教育教材建設指導委員會主任委員單位、安徽省中醫藥學會中醫養生保健專業委員會理事長單位、安徽省藥學會中藥材種植（養殖）專業委員會理事長單位。

學校占地面積997畝，總建筑面積29.7萬方米，設有醫療系、藥學系、康復保健系、護理系、口腔醫學系、基礎教學部和政治理論課教學研究部等7個教學系部，開設中醫學、中醫骨傷、針灸推拿、中藥、中藥制藥技術、藥學、藥品質量檢測技術、護理、醫療美容技術等27 個專業，面向全國21個省、市、自治區招生，全日制專科在校生9317人。 學校現有專任教師550人，其中，副高以上專業技術人員183人，具有研究生學歷人員173人，國家級名老中醫3人，全國優秀教師1人。學校還聘任國醫大師李濟仁、葉文才等6名專家教授為特聘教授、客座教授。

學校下轄3所直屬附屬醫院、1所附屬藥廠、1個安徽中藥資源研究所、1個中藥材種植基地、1個天然藥用植物園和9所非直屬附屬醫院、23所教學醫院以及134家校外實基地。學校附屬中醫醫院（蕪湖市中醫醫院）創立于1958年，在中醫界素有“江南中醫一枝花”的美譽，為“全國首批示范中醫院”、“國家三級甲等綜合性中醫醫院”，醫院擁有4個國家級重點中醫專科專病、6個省級重點中醫專科專病、5個市級重點中醫專科。

學校現有中央財政支持實訓基地1個，中央財政支持提升專業服務產業發展能力項目2個；省級教學團隊4個，省級教改示范專業1個，省級專業6個，省級精品課程10門，省級卓越型人才技能計劃1項，省級人才培養模式創新實驗區1個，省級高職高專專業綜合改革試點項目1個，省級示范實驗實訓中心5個，省級示范實實訓中心1個，省級校企合作實踐教育基地1個，省級教學名師4人、教壇新秀6人。年來，學校共承擔了各類科學研究項目236項，其中市廳級以上科研項目87項，獲得5項國家授權專利；公開發表學術論文655篇，其中核心期刊類論文191篇，14篇被SCI期刊收錄；承擔各級各類教學研究項目81項，其中省級以上39項；獲各級獲得各級各類教學成果獎45項，其中省級12項；五年，學校教師主編教材58部，其中2部教材入選教育部普通高等教育精品教材。2013年，學校共有15名主編、23名副主編參與第三輪國家衛計委高職高專醫藥衛生規劃教材編寫、修訂。學校主辦的《現代中藥研究與實踐》為中國科技核心期刊，是國內研究中藥材生產和質量管理領域最有影響的學術期刊之一。

學校的辦學成績獲得上級黨委、政府充分肯定和社會各界廣泛贊譽。2006年，安徽省委組織部、宣傳部和省委教育工委授予學校“先進基層黨組織”光榮稱號；2008?2010年，安徽省高等學校畢業生就業工作委員會連續三年授予學校“安徽省高校畢業生就業先進集體”稱號；2009年，安徽省就業工作領導小組授予學校“全省就業工作先進單位”稱號；2010年，安徽省教育廳、財政廳確定學校為“省級示范性高職院校”建設單位；2011年，安徽省教育廳授予學校“安徽省創新創業教育示范校”稱號，安徽省人力資源和社會保障廳授予學校大學生創業孵化基地“首屆安徽省AA級創業孵化基地”稱號；同年，學校榮獲“全省高等教育學籍學歷管理工作先進集體”，“第一屆全國中醫藥職業教育技能大賽高職組團體一等獎”；2012年，榮獲“全國科普教育基地”、“安徽省中醫藥文化宣傳教育基地”、“蕪湖市創業富民孵化基地”、“蕪湖市高技能人才培養工作先進單位”、“蕪湖市職業技能鑒定先進單位”；2013年，榮獲“安徽省高職高專政治教育研究工作先進單位”、“全省大中專學生志愿者暑期‘三下鄉’社會實踐活動優秀團隊”；，榮獲“首屆全國中醫藥科技推廣工作先進集體”、“全國中醫藥職業教育技能大賽高職組團體二等獎”；此外，學校2011、2012年蟬聯“安徽省高校畢業生就業工作標兵單位”，2011、2013年蟬聯“蕪湖市文明單位”。

建校50余年來，特別是升格15年來，學校秉承“厚德、博學、濟世、日新”的校訓，堅持“以人為本、尚德重技，創新服務，發展”的辦學理念，在中醫藥專業建設、應用型人才培養、中醫藥對外交流、中醫藥產業研發以及服務地方經濟和社會發展等方面，形成了獨特的優勢，為國家培養了4萬余名中醫藥應用型人才。當前，學校正進一步解放，同心同德，搶抓機遇，科學發展，努力提高人才培養質量和提升辦學層次。